表型生物脅迫在植物與病原體相互作用研究中經(jīng)常受到表型的阻礙，而這些表型很難通過(guò)視覺評(píng)估來(lái)區(qū)分。特別是毒力因子中的單基因突變體可能缺乏明顯的表型。葉綠素?zé)晒?CF)成像是監(jiān)測(cè)植物與病原體相互作用的重要工具。然而，盡管可以測(cè)量許多CF參數(shù)，但有關(guān)植物與病原體相互作用的研究通常集中在數(shù)量有限的參數(shù)上。它可能導(dǎo)致在視覺上辨別相似表型的能力有限。

本研究中，作者評(píng)估了多個(gè)CF參數(shù)組合改善此類表型的能力。這種方法可能有助于在事先不知情的情況下篩選和鑒別細(xì)菌毒性因子的影響。本文基于多個(gè)CF參數(shù)的組合，開發(fā)了一種無(wú)需選擇任何參數(shù)的計(jì)算方法。涉及直方圖巴氏距離計(jì)算和分層聚類，以及考慮葉間和表型內(nèi)異質(zhì)性的標(biāo)準(zhǔn)化方法。


為了評(píng)估該方法的有效性，用同樣的方法分析了兩個(gè)數(shù)據(jù)集。第一個(gè)數(shù)據(jù)集具有黃單胞菌菌株的單基因突變體，僅其分泌細(xì)菌毒力蛋白的能力不同。該數(shù)據(jù)集在接種后6天顯示了預(yù)期的表型，并用作建立方法的基本真實(shí)數(shù)據(jù)集。接種后3天表型的相關(guān)鑒別證明了該計(jì)算方法的有效性。第二個(gè)數(shù)據(jù)集是由3型效應(yīng)子的瞬時(shí)表達(dá)(agrotransformation)組成的。第二個(gè)數(shù)據(jù)集顯示的表型無(wú)法通過(guò)視覺評(píng)估加以區(qū)分，并且無(wú)法事先了解每種3型效應(yīng)器對(duì)葉片組織的影響。利用該計(jì)算方法，根據(jù)3型效應(yīng)器對(duì)葉片樣本進(jìn)行聚類，從而提高了對(duì)視覺相似表型的識(shí)別能力。僅由一種毒力因子不同的細(xì)菌菌株誘導(dǎo)的視覺相似表型的相關(guān)區(qū)分說(shuō)明了使用CF參數(shù)組合來(lái)監(jiān)測(cè)植物與病原體相互作用的重要性。它為鑒定生物脅迫的特定特征開辟了前景。



來(lái)源：Front. Plant Sci.A Computation Method Based on the Combination of Chlorophyll Fluorescence Parameters to Improve the Discrimination of Visually Similar Phenotypes Induced by Bacterial Virulence Factors.Valérian Méline, Chrystelle Brin, Guillaume Lebreton, Lydie Ledroit, Daniel Sochard, Gilles Hunault, Tristan Boureau and Etienne Belin.https://doi.org/10.3389/fpls.2020.00213