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            AprGPD:杏基因組和表型組數據庫

            2022/8/24
            杏因其營養成分高、適應性強而在世界范圍內廣泛栽培,其肉質鮮美,有著獨特宜人的香氣,杏核也作為堅果食用。杏的基因組已經被測序,轉錄組、重測序和表型組的數據不斷增加。然而,隨著新信息的出現,這些數據有望被整合和傳播。

            中國九種杏,01-09 代表九個品種:a 九個品種的分布、描述和圖片。b 九個品種的樹形及相對高度

            為了更好地管理不斷添加的新數據,同時增加其便利性,作者構建了杏基因組和表型組數據庫。目前,AprGPD包含3個參考基因組、1692個種質、306個基因組重測序數據、90個RNA測序數據。AprGPD 已經實現了一套用戶友好的查詢、分析和可視化工具。作者還對杏的三個基因組的 59 個轉錄因子家族進行了詳細分析。

            種質模塊,a 搜索工具;b 樣本的圖像和分布;c 定量(頻率圖和箱形圖)和定性(餅圖)特征的統計圖

            AprGPD展示了六個模塊,包括品種、種質、基因組、變異、產出、工具。AprGPD整合的數據將有助于杏的分子育種。

            來源:Plant Methods.AprGPD: the apricot genomic and phenotypic database.Chen Chen, Huimin Liu, Ningning Gou, Mengzhen Huang, Wanyu Xu, Xuchun Zhu, Mingyu Yin, Haikun Bai, Lin Wang & Ta-na Wuyun
            https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-021-00797-4
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