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        027-87860098

        AprGPD:杏基因組和表型組數(shù)據(jù)庫

        2022/8/24
        杏因其營養(yǎng)成分高、適應(yīng)性強(qiáng)而在世界范圍內(nèi)廣泛栽培,其肉質(zhì)鮮美,有著獨(dú)特宜人的香氣,杏核也作為堅(jiān)果食用。杏的基因組已經(jīng)被測序,轉(zhuǎn)錄組、重測序和表型組的數(shù)據(jù)不斷增加。然而,隨著新信息的出現(xiàn),這些數(shù)據(jù)有望被整合和傳播。

        中國九種杏,01-09 代表九個(gè)品種:a 九個(gè)品種的分布、描述和圖片。b 九個(gè)品種的樹形及相對高度

        為了更好地管理不斷添加的新數(shù)據(jù),同時(shí)增加其便利性,作者構(gòu)建了杏基因組和表型組數(shù)據(jù)庫。目前,AprGPD包含3個(gè)參考基因組、1692個(gè)種質(zhì)、306個(gè)基因組重測序數(shù)據(jù)、90個(gè)RNA測序數(shù)據(jù)。AprGPD 已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了一套用戶友好的查詢、分析和可視化工具。作者還對杏的三個(gè)基因組的 59 個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族進(jìn)行了詳細(xì)分析。

        種質(zhì)模塊,a 搜索工具;b 樣本的圖像和分布;c 定量(頻率圖和箱形圖)和定性(餅圖)特征的統(tǒng)計(jì)圖

        AprGPD展示了六個(gè)模塊,包括品種、種質(zhì)、基因組、變異、產(chǎn)出、工具。AprGPD整合的數(shù)據(jù)將有助于杏的分子育種。

        來源:Plant Methods.AprGPD: the apricot genomic and phenotypic database.Chen Chen, Huimin Liu, Ningning Gou, Mengzhen Huang, Wanyu Xu, Xuchun Zhu, Mingyu Yin, Haikun Bai, Lin Wang & Ta-na Wuyun
        https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-021-00797-4
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